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蛋白質ポケットのdruggability分析のための可視化ツール


概要
薬は人体の重要な構成成分である蛋白質に作用する. 薬との親和性の高さをdruggabilityといい,親和性の高い蛋白質の発見は製薬過程における重要な課題である. 近年の研究では,薬成分の多くは蛋白質表面上の窪み(ポケット)に反応することが知られており, 我々もdruggableなポケットに対する抽出・分析の研究を進めてきた. 本報告では,蛋白質ポケットのdruggability分析のための2種類の可視化ツールを提案する. 1つめの可視化ツールは,ポケットの形状評価結果を可視化する. 本手法では各ポケットの形状特徴量を算出し,druggableなサンプルポケットとの形状類似度を算出することで, 各ポケットのdruggability評価値を算出し蛋白質表面上に表示する. 2つめの可視化ツールでは,各ポケットの特徴量を2軸に割り当てた散布図とポケット形状を1画面上に表示する. これらの可視化ツールによりポケットの形状や特徴量とdruggabilityの関係性を探ることが容易になり, ひいてはdruggableなポケットの発見に貢献できると考えられる.

可視化ツール1
可視化ツール2